湖內區位於本市的西北部，北以二仁溪與臺南市灣裡地區及臺南市仁德區為界，西鄰茄萣區，東、南兩面則與路竹區接壤。本區雖地近臺南市，但荷蘭時期是否有漢人入墾定居，因文獻無證，難以確定。明鄭入臺以後，漢人拓墾的腳步逐漸向南越過二仁溪，本區乃成為當時的重要開墾地區之一，首先有鄭氏軍中的一名王姓參軍，屯墾於本區東南境，名為參軍庄。後以墾民日多，圍仔內、湖內等處也已陸續成庄，區境乃分別被編設為文賢及長治兩里，文賢里在西北，以圍仔內庄為中心：長治里在東南，湖內庄、參軍庄一帶屬之，兩里同隸屬萬年縣（永曆１８年，即西元１６６４年之後改為州）管轄。
康熙２２年（西元１６８３年），臺灣入清朝版圖，翌年４月，設官分治，置一府三縣，其中臺灣、鳳山兩縣大致以二仁溪為界，本區恰位於臺鳳兩縣交界，因此西北部的文賢里歸臺灣縣轄，東南的長治里則隸屬鳳山縣。康熙３０年代（西元１６９０年代），臺灣實施保甲制度，文賢和長治兩里各又被分成一、二圖，本區境包括當時的臺灣縣文賢里二圖，和鳳山縣長治里二圖，分別編有居民８甲和１６甲。（高拱乾，１９６０：３８～３９）由於清初臺、鳳、諸三縣界的劃分不當，造成整個文賢里橫跨於二仁溪南北兩岸等種種問題，形成行政上的不便，為解決此一問題，乃於雍正９年（西元１７３１年）重新調整臺鳳兩縣的疆域，以二層行溪河道為界線，將文賢里二圖的溪南部分併入鳳山縣。至此以後直至清末，地方行政界線未曾改易。
乙未割臺以後，最初臺灣南部仍在台灣民主國大將軍劉永福的控制下，行清朝舊制，同年（即明治２８年，西元１８９５年）９月，劉永福兵敗內渡中國，１１月日本總督府設臺南民政支部，本區屬之。隸鳳山出張所管轄，包括文賢里和長治二圖里。明治２９年３月改隸臺南縣鳳山支廳，明治３０年４月改為鳳山縣大湖辦務署轄，明治３１年２月廢鳳山縣，本區隨境大湖辦務署併入臺南縣，明治３４年１０月廢縣設廳，再度改屬於鳳山廳阿公店支廳，但這些都只是縣廳級行政區域的調整而已，並未涉及地方上里與庄里範圍的變動，長久以來屬於本區的二大地區文賢里與長治里，甚至連名稱都未曾更動。
明治４２年（西元１９０９年）１２月，臺灣第五任總督佐久間左馬太第７度調整地方行政區域，除將原有２０廳廢和為１２廳，廳下仍置支廳外，其下再設區、里、庄三級地方行政體系，其中新設的區為以前的一里或數里合併，...